Растения        Фитопланктон населяет верхние горизонты толщи воды и является основным продуцентом органического вещества в море. Самые многочисленные по числу видов группы фитопланктона в зал. Посьета - диатомовые ( до 60%) и перидиниевые ( до 27%) водоросли. Доминируют по плотности клеток в единице объема и, как правило, по биомассе 11 видов диатомовых водорослей, которые являются причиной ежегодных "цветений", наблюдаемых в заливе в разное время года.
 Отмечается два максимума численности микроводорослей - зимний (декабрь-февраль) и летний (июль-август). Во время летнего цветения плотность клеток достигает 1-2 млн. клеток/л при биомассе 2-5 г/м3.
    Фитобентос. Донная растительность заповедника типична для открытых побережий зал. Петра Великого. Водорослевые сообщества чаще всего имеют поясное распределение. В литоральной зоне пояса узкие, 10-20 см по вертикали, в сублиторали - широкие, в несколько метров. В литоральной зоне зал. Петра Великого выделяются два горизонта. В верхнем горизонте в отлив обнажается пояс глойопелтиса вильчатого, который растет на скалистых и каменистых открытых берегах. Глубже разряженные поселения образуют немалион червевидный и хетоморфа четковидная. Еще ниже проходят пояса аналипуса японского, полисифонии японской, кораллины шариконосной.
   В верхней сублиторали в небольших бухтах на песчаном с камнями и ракушей грунте растет морская трава филлоспадикс иватенский. Он образует дернины площадью в несколько квадратных метров, между которыми на камнях и раковинах растут водоросли: ульва продырявленная, родомела, хорда и другие. По направлению к выходу бухт на глубине 1,5-2 м филлоспадикс сменяется другой травой - морским взморником, который образует густые поселения, занимающие зачастую почти все песчаное дно бухт до глубины 8-10 м.
     На открытых участках побережья, омываемых подвижной, хорошо аэрируемой водой, на глубине 3-5 м на скалистом грунте в биоценозе мидии Грея, морских ежей и звезд доминируют известковые водоросли - корковые литофиллум и литотамниум тихоокеанский. Им сопутствуют мягкие корковые пейсонелия тихоокеанская, ролофизема изящная, мелкие кустистые: гелидиум беспорядочный, бранхиоглоссум маленький и другие.
     На глубине 6-12 м на песчаном с ракушей грунте совместно с приморским гребешком обитают кодиум иезоенский, ламинария цикориеподобная, цистозира. С глубины 7 м ламинария сменяется дихлорией и ульвой, которые встречаются до 12-15 м. Вместе с ними отмечается агарум решетчатый. Глубже растут известковые водоросли.