Научные подразделения ДВГИ ДВО РАН представлены 13-ю научными лабораториями. Из них четыре лаборатории объединены в Аналитический центр института. Это лаборатории аналитической химии, микро- и наноисследований, рентгеновских методов и стабильных изотопов. Лаборатория лавинных и селевых процессов расположена в г. Южно-Сахалинск и образует Сахалинский филиал ДВГИ ДВО РАН